Jackie's research station

我上週把Jim的一小部份工作完成了，成就感蠻大的，因為要在一堆未知的資料內找到一些線索，並將它組織起來，是需要耗費非常多精力與想像的。我沒有特別去看甚麼文獻來去佐證，因為這篇會是第一篇跨不同樣區，扎扎實實用時間資料來講故事的一篇文章，真的是前無古人的一篇文章。也因為資料量很龐大，因此分析起來就必須要夠"大"，大範圍的思考，大方向的抓取，大尺度的探究。 我原本把這份資料弄得很難，以為要用很複雜的分析去呈現，但在某天的洗澡自言自語當中，突然發現，一道用很高級食材所做的料理，最重要的就是要把高級食材的味道凸顯出來。我很喜歡看澳洲頂級廚師，根本就是我在台灣閒暇時候，或是很忙的時候一定會停下來看的節目。很多使用高級食材料理的餐點，通常都是用最簡單的烹飪方式去呈現，方法越簡單就越能夠將食材本身的味道凸顯出來，反而用複雜的調味，則會把最純粹的味道蓋過。因此，面對全世界第一篇收集那麼多樣區又跨時間尺度的文章，更應該把最純粹的趨勢、最簡單的分析，將這些概念從空間延伸到時間去。 因此我抓了之前跟Jim討論的線索，從那邊下手，讓事情簡單化，讓圖表一目了然，讓一件事情很快的讓讀者抓到重點，而且要讓人有興趣引用。所以我寫了R Markdown把所有步驟記錄下來，我想要告訴Jim，我雖然寫英文文章可能不會很快，但我可以組織好這些code，讓這些code講我想要講的故事，讓這個code呈現出我想要做的圖表。 any figure? 這是上上周五Jim跑進來講的第一句話，我嚇到了，因為我甚麼東西都沒做，我當時星期四晚上還參加了一場日本的研討會，星期五在趕報告，下午他一進來，我便很慚愧地與他討論。最重要的是星期一他還又開了來回8小時的車，載我們出去看大樣區的樣子。因此，那一周，我根本是拚了命的把所有思緒集中在「要如何把東西生出來」上面。 最後很高興做出來了，而且是我自己也可以說服自己的結果。有時候自己的高標準也是會害死自己，但是也好像達成了某種成就。 礙於這是一篇未發表的重要文章，因此．．．就沒有甚麼過程，但卻是我滿滿的心得與驕傲，我很榮幸，我會寫code，雖然英文很爛，但我可以用其他語言來與其他人對話。

  今天美國的勞動節，學校以及大部分的商家與公車都是休假一天。原本想說實驗室的博後會去，那就去實驗室好了，結果在和實驗室博後確認完時間之後，Jim大概不到一個小時就問：要不要去猶他森林動態樣區?當天來回，早上六點出發，晚上可能要10點才能回來。 Jim 來信問我們要不要去猶他動態樣區 我看了一下，開車來回要9~10個小時，523公里。從台灣最北端到台灣最南端，也才484公里。於是我就厚臉皮說：「好啊」 從Logan到猶他動態樣區單趟需要4個小時 猶他森林動態樣區位在猶他州西南邊的Dixie National Forest內，整個樣區的大小15.5公頃，地表的岩石多是經過冰蝕作用後的沉積岩，主要的物種有Abies bifolia、Picea engelmannii、Pinus flexilis、Pinus longaeva等，而在開闊地常見闊葉樹則只有Populus tremuloides。我這裡面最愛Pinus longaeva，如果是中文翻譯的話會是大盆地刺果松，四到五針為一束，長度約2.5~4公分左右，短短小小胖胖軟軟摸起來爆幹舒服，重點是這個樹種易被火燒，但恢復利又夠強，會從旁邊長出萌蘗，抗壓性超高。另外Picea engelmannii 也是個適應火燒之後的樹種，在樣區裡面有很多高大的Picea engelmannii 都因為火燒之後死亡，但周圍的小樹多半是這個樹種，而且在這些高度2 m的植株上，就已經生產毬果開始散播種子，主要是因為小時候不做愛，長大會被燒死(踢飛)。這個地方的火燒週期大概是兩百年為一輪，自然發生，所以這邊的樹種都已經很適應這種壓力，甚至也都具有極高的耐旱性。 而另一個讓我覺得驚訝的是，在這個溫帶森林裡面，我竟然感受不到很舒服的感覺。第一個是地形，整個樣區的海拔落差有130公尺，除此之外加上南北向坡、大碎石與冰蝕沉積岩的地形，造就這個區域的地理環境異質性。再開過來的路上，Jim跟我說他們這個樣區完全不大受到中性理論的影響時我還有點不大相信，但親身從最低海拔走到最高海拔，爬了各種地形之後，也難怪他會有這樣的結果；而第二個是植株的密集程度很高(每20 x 20 m大概有200多棵的植株)，而且枝下高很低，或甚至根本沒有枝下高，所以要調查的時候就是要鑽進大樹欉裡，把周圍所有的樹量完之後，才能從樹叢堆裡爬出來。有種南仁山熱帶森林的既視感，但...

剛到Salt Lake City的時候，遠眺整個山脈，總覺得這裡的山好清晰、好立體、好漂亮，那個陰影的對比度非常的高，像是被人調過對比度一樣。而從Salt Lake City到Logan的一小時半的路程上，仔細一看才發現，原來在照陽光的那一面，植被非常的稀疏，而在不受到陽光照射的那邊，植被非常的密集。且遠遠一看就知道那是針葉樹。 這裡是美國猶他州，洛根，西經111.80度，北緯41.44度，海拔1400公尺， 夏季溫度13~29度，年雨量才310 mm "The precipitation could be the limitation  for the vegetation pattern in Logan" 那天我問Jim這個觀察，他是這樣說的。之前生態學課本裡面常常提的南向坡與北向坡的植被差異，突然就這樣栩栩如生地出現在眼前，除此之外，在Logan這個地方除了有向上的森林界線以外，也有向下的森林界線，而這種向下的森林界線也可以說是乾旱線。因為再往低海拔走的時候，地表濕度會比較高海拔的濕度低，導致較低海拔的區域會形成低矮且耐旱的草生地植被。 而今天，Jim花了一個早上，帶我們去了洛根峽谷的頂端爬爬山(真的是輕裝hiking的那種)。突然覺得：「挖靠，上周日還在遠眺這邊的植被，現在就已經可以摸到這邊的樹了」。整個過程當中，我會有種我在合歡山做高海拔樣區調查的錯覺，會聞到「對就是這個冷衫的樹脂與腐植質的味道」。這邊主要的樹種以冷衫屬 (Abies alba 'Contorta')、黃衫屬以及松屬(Limber pine)的植物為主，地被除了有大量的冷衫屬小樹以外，還有sage spruce、Rose family等植物；除此之外，在這些樹種的森林邊緣，會有塊狀的楊屬(Populus, Populus trichocarpa) 植物聚集，到了陽光直射的區域，就是非常耐旱的草生地了。甚至有些木質密度超級高的杜鵑屬植物，會塊狀地生長向陽、小小稜線的生育地裡，像極了台灣杜鵑，但他不是台灣杜鵑。 "Don't underestimate those small tree, they are older than you."Jim在我們hiking的過程當中，會帶著我們去估計這些樹的年齡，從不同物種的分枝複雜程度、...

 這次拿到教育部學海飛颺的計畫，也順利地在經過兩年的各種波折與各種機緣下，順利地與James A. Lutz接洽，並來到美國猶他州立大學進行研究的參訪。我們在8月9日先抵達加拿大多倫多、蒙特婁參與為期一週的2022年美國生態學年會，而後再到美國達拉斯國際機場轉機至鹽湖城國際機場，搭行2個小時的公車，前往美國猶他州洛根的猶他州立大學。 前往猶他州洛根的沿路風景 是一趟非常轉折，耗時的旅程。 第一天抵達研究室的時候Jim 非常熱情地向我們招待，他帶著我們逛了系館、研究室與周圍的設施後，就開始了生態學家x植物學家的必經旅程：認識植物。雖然我們自己身為森林系的一份子，但有些物種在台灣並沒有分布，我們能夠做的就是連結台灣同屬植物，比較這些植物的差異，並且盡可能地將這些植物記起來。而且，要熟記學名，學名基本上就是植物學家彼此之間的溝通語言。拜網路發達所賜，我們真的忘掉了很多學名，但GOOGLE不會，於是我們在這趟介紹旅程的當下，搜尋了不少台灣、美國西部的物種。 我們與Jim 在龍柏前面的合照 美國七葉樹 置身在美國的亞洲人，必須使用其他語言與別人溝通，為了溝通、為了表達出自己想要做的事情，會盡其所能的去表達。那種由內心出發的溝通，也許就是最令人動容的地方。我很感激那些願意停下時間、耐下性子聆聽我們要講話的人: "The Chinese we talk is worse than the English you spoke." 美國猶他州立大學環境資源學系的外觀 總而言之，30天的參訪才剛開始。Jim說要帶我們見識見識與台灣截然不同的森林，我真的很期待，我也很高興Jim用它自身在亞洲的經歷，去包容我們這群非母語卻又要在美國生活的外國人。希望這三十天的每一天都會有新奇的事物發生。

 上一篇文章是在2019年的時候寫的，當時候還有很多的抱負，覺得應該可以寫一些有趣的勸世文，但其實沒有耶，中間經過南仁山複查地蹂躪後，再加上臉書上面的互動其實很快速，所以很多的文章與很多的抱怨，都很快地就在臉書上面完成。很快地就可以得到許多的評論與迴響。但隨著這一兩年，很多人被祖了以後，我自己也思考了一下，我的一生可以寫在哪裡讓大家看到?也許不必，我也許應該寫一些甚麼我所學到的、我所經歷到的、我可以教的。畢竟從2018年到現在，也經歷了不少的風風雨雨。但有沒有大風大浪，這我就不敢說了，不過確實從這之間也成長了很多，吸收了不少的養分與靈感。 我會把這個地方當作一個大雜燴的區域，最近我正在準備資格考，讀了有關community ecology以及ecosystem ecology的書籍，我認為這些事讓我又再重新審視自己過往的生態學思考模式，有些東西是新的，而有些東西是舊的，那些舊的東西會和自己實務上所做的每件事情節結合起來，瞬間又變得有趣了。因此，說不定會根據那些我所看到的東西，寫成一小篇的小短文也說不定。 最後，我會希望這邊能夠放上一些我自己在R語言上面的歷程，也希望許多對於R語言有任何興趣的人，可以跟著我的coding一步一步將自己想要做的事情，慢慢地畫出來，慢慢地做出自己的一片天。 大致上是這樣。復出的文章到此為止，至於下一篇文章，說不定會簡短地分享一些R語言的code也說不定，畢竟，那是可以打最少字的文章。 鎮嘉

這學期我幫趙老師上了一堂動態樣區概論，大致上這堂課我主要講的都是方法論，從簡單的動態樣區介紹一直到動態樣區內分析方法，漸漸地這堂課也上了快一個學期，我也在想說是不是能狗整理一些甚麼資訊出來。於是我打開了塵封已久的部落格，嵌入我自己本身有在使用的R Markdown，有目的性地去解決其中大部分人的問題。內容不一定會和我課堂所講的相似，但會提供我自己的想法與code，提供所有人參考與評論。藉此有一個小小平台可以解決大家對於「Ｒ很困難」的這個天大危機。 我自己碰Ｒ已經有將近８年（幹好久），很多時候都是目的性地去解決很多科學需要的圖跟表，因此往後的貼文，也會根據＂目的＂來去作出相關的分析、繪圖。到了最後，其實你就會發現，我們幾乎都使用那幾樣工具，其實沒有到多困難也沒有到多麼尖澀難懂。由於自己已經碰Ｒ碰了很久，有時真的要講起基礎的東西來，還是要花很長的一段時間，這篇文多半提供許多教科書上會有的教材，網路上真的超多人在教，我也是東抄抄西剪剪的拼湊出來。希望這篇能夠給剛進入Ｒ語言世界的人，有更．．．深入一點點的感受。 基礎的R語言 基礎的R語言 Chen-Chia Ku 2022/5/8 R 語言的介紹 什麼是R語言 R語言是由Ross Ihaka 以及Robert Gentlman 在University of Auckland基於John Chambers開發的S程式語言建構而的 免費 且 開源 的統計與繪圖軟體。 R語言是統計程式語言： 程式語言是人與電腦溝通的工具，須嚴謹的邏輯語法, 電腦才會正確執行命令 命令電腦做事的語言 R 以及R studio有什麼不一樣 R Studio是R的附加組件: 使用R的時候，應與R studio一起使用 因為R本身非常麻煩，無法將曾經寫過的code紀錄並貯存與共享 R studio2的介面友善，可儲存並分享code紀錄。 由於R Studio 是R的附加組件，因此必須先下載R，再下載R Studio。 使用R Studio進行數據分析時，R不能在電腦解除安裝 即使…R可能從安裝之後你都不曾打開，再怎樣…只要你要用R studio分析，R就是要在...