上海暑期課程Day 3 & Day 4

我把這兩天的課程，當作地獄。

這兩天其實是一個很有趣的議題，說的就是遺傳的譜系結構。這個主題對我來說其實不陌生，在上一年的專討當中我就有針對這部分的主題來進行討論與摸索。原本以為可以穩固我既有的想法與概念，甚至可以開創更多更新的思維。結果，我到了今天的最後1小時完全的死在沙灘上了。

這是一個來自巴黎的老師，我完完全全被他的主(ㄇㄧㄢˋ)題(ㄇㄠˋ)給吸引住了。eFLOWER感覺就是一個很酷的東西，再加上他PPT內的圖片都美到爆炸。事實上這個講的東西就是在說用現有的性狀資料庫與基因庫來去重建過往幾千年幾萬年的譜系結構。例如他的博士生目前正在重建桑科的譜系結構，目前所面臨到的問題主要是雌雄異株(Dioecy)這種性狀，是否為桑科植物演化的最末端甚至影響該科植物無法持續地演化下去，但他的結果竟然是雌雄異株的性狀為桑科植物演化的祖先，進而演化成雌雄同株(Monoecy)以及兩性花(Bisexual)甚至演化成為雄性兩性花(Androdioecy)與雌性兩性花(Gynodioecy)。

但這裡面的分析可就複雜了，他逐一地跟我們介紹每個分析方法的理論。首先與譜系結構分枝時間軸有關的Markov model，這部分主要就是在講機率問題，過馬路的時候你會向前向右向左或原地踏步的機率問題，進而發展成一個模型。接著講到了很多統計可能都會看到的最大相似值(Maximum Likelihood)與簡約法(parsimony model)的數學理論來去重建每個分支的數值。進而又跟我們介紹貝葉氏模型(Bayesian ASR)，最後在跟我們說明模型的篩選與決定(AIC)。

很複雜，很多都是以前聽過或是文章有大概提到的統計，但完全沒有深刻的去看他的數學公式。Herve今天也在最後課堂提到，雖然公式本身很複雜，但如果完全都不瞭解這些公式在幹麻或是根本不知道這些理論的基本假設在幹嘛就拿來用拿來分析，是一件危險的事情。因此在他今天最後一張Take home message只寫了三個字：Read, Experiment and Understand

我承認我今天沒有很理解貝葉氏模型在做甚麼QAQ

底下的同學也都完全的被這兩天的數學課給搞垮，但自己看了少許文章下來，我真的覺得做生態學的，除了了解別人的結果與問題外，更重要的就是那些"神出鬼沒"的數學理論。理論可能用一句話就可以帶過，但背後的數學意義所代表的東西，可能是生態學內複雜的現象；而那些設定的參數與假設可能就是生態學內的限制，因此才會有這麼多的數學符號在每篇文獻當中站起來。以前以為搞懂迴歸(Regression)就可以預測未來發展，但我發現...生態學內並非所有的現象都是迴歸完就可以解釋，又赫然發現物種與物種之間的空間自相關與環境和環境間的共線性問題。真要能夠解釋一種生態現象，其實說簡單也簡單，說困難也困難，就看自己從哪個角度切入，從哪個問題出發。

雖然這堂課不如我預期想學的(例如計算NRI, NTI或是計算譜系間的發散與聚集等等問題)，但也讓我看到別人用更大尺度，更深的數學，更客觀的角度來去建構看起來和說起來都很厲害的"演化"樹。我覺得這真的是一大學問與GAP(代溝、破空、洞或是鴻溝；我常常不大會翻譯這個詞)!

最後，好感謝這三天一直坐我隔壁的一位博三學姊，她不大熟R，但她好努力，也一直跟我討論每個公式所要解決的問題。她很勤的在Herve的課做了些許註記，也因為有些環節太過艱困，我們倆就這樣討論到大家都去吃飯了後還在整理剛剛上課的東西。她總是會說：「要不然我們去問張老師或沈老師好了」，於是我們就把我們討論的東西拿去問了。我認為"討論"這種東西，不僅僅是把我所知的東西整理好，也是將別人口中那些未知的或是忽略的知識，再次重新歸納與整理。

期待接下來兩天的Metadata Analysis